城市在恢复安静后，年夜反派从头召集旧部东山再起，并勾搭外星恶权势朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开畅基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战冲击恶徒在史莱德逃走拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个拙笨的左膀右臂猪面和牛头结合，发布了一个节制世界的恶魔打算。在神龟们与史莱德及其同伙匹敌的同时，他们发现本身正面对着一个更险恶的气力年夜反派格朗，神龟们面临的将是宇宙级的壮大敌手。